Pozor na daňové kontroly na poslední chvíli

Pro většinu podnikatelů představuje doručené oznámení o zahájení daňové kontroly velmi nepříjemnou zprávu. Často signalizuje období nejistoty, zvýšené administrativní zátěže a potenciálního finančního rizika. Tento proces může vyvolat značný stres a odvádět pozornost od klíčových obchodních aktivit.

Autor článku: ARROWS advokátní kancelář (JUDr. Filip Ondřej, office@arws.cz, +420 245 007 740)

Je však důležité si uvědomit, že pravomoci finančního úřadu nejsou neomezené, a to zejména z hlediska existence zákonné úpravy lhůt. Klíčovým pojmem v tomto kontextu je prekluzivní lhůta. Jedná se o zákonem stanovenou, nepřekročitelnou lhůtu, do které musí správce daně stihnout stanovit daň za kontrolované období. Jakmile tato lhůta uplyne, právo finančního úřadu stanovit daň za dané období zaniká. Tento mechanismus představuje základní záruku právní jistoty pro daňové poplatníky.

Existence této lhůty je sice zásadní, ale sama o sobě nezaručuje hladký průběh kontroly. Zásadní je také to, jakým způsobem správce daně postupuje, zejména když se čas krátí. Nedávný rozsudek Nejvyššího správního soudu (NSS) č. j. 3 Afs 30/2023-48, ze dne 25. listopadu 2024 vrhá na tuto problematiku nové světlo. Tento rozsudek se zabývá mj. právy a povinnostmi daňového poplatníka a správce daně v situacích, kdy správci daně končí prekluzivní lhůta k stanovení daně. Zdůrazňuje význam spravedlivého procesu a správného rozložení důkazního břemene.

Klíčové pojmy srozumitelně

Než se ponoříme do samotného rozsudku, je nezbytné porozumět dvěma klíčovým pojmům, které jsou pro daňové řízení zásadní – prekluzivní lhůta a důkazní břemeno. Znalost těchto pojmů vám pomůže lépe pochopit kontext a dopady diskutovaného rozhodnutí.

Prekluzivní lhůta

Představte si ji jako konečný termín, do kterého musí finanční úřad oficiálně a pravomocně určit (stanovit) vaši daňovou povinnost za konkrétní zdaňovací období. Jakmile tato lhůta uběhne, právo finančního úřadu požadovat další daň za toto období zaniká (prekluze znamená zánik práva).

Základní prekluzivní lhůta činí 3 roky. Začíná běžet typicky dnem, kdy uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení (např. daňové přiznání za dané období). Je důležité vědět, že určité úkony, jako je zahájení daňové kontroly, mohou běh této lhůty přerušit a spustit znovu od začátku, pokud byly před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájeny. Lhůta pro stanovení daně rovněž neběží např. po dobu řízení před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem, které je v souvislosti se stanovením daně nebo např. po dobu trestního stíhání pro daňový trestný čin související s touto daní. Existuje však absolutní maximální délka, která činí 10 let od původního počátku běhu lhůty.

Prekluzivní lhůta poskytuje právní jistotu. Poplatníci tak vědí, že po určité době jsou jejich daňové záležitosti za daný rok uzavřeny a nemohou být znovu otevřeny.

Kdo Vám s tímto může pomoci?

Důkazní břemeno

Jedná se o povinnost předložit důkazy na podporu svých tvrzení během daňové kontroly. Představte si váhy – kdo na ně musí položit závaží v podobě důkazů?

Platí, že vy jako daňový subjekt (poplatník) musíte prokázat skutečnosti, které uvádíte ve svém daňovém přiznání (např. oprávněnost nákladů, výši příjmů). Vaše účetnictví a evidence jsou primárním důkazem. Máte tedy břemeno tvrzení a břemeno důkazní.

Finanční úřad nemůže vaše tvrzení a důkazy odmítnout bez dalšího. Pokud má pochybnosti o správnosti vašich tvrzení, je jeho povinností tyto pochybnosti konkrétně specifikovat a doložit důvody, proč vám nevěří. Správce daně také nese důkazní břemeno ohledně určitých skutečností, například pokud tvrdí, že podklady (účtenky, faktury, účetnictví, záznamy), které daňový subjekt předkládá, jsou nevěrohodné, neúplné, neprůkazné či nesprávné.

Důkazní břemeno se v průběhu řízení může přesouvat. Pokud finanční úřad úspěšně zpochybní vaše podklady, přesouvá se břemeno zpět na vás.

Nevíte si s daným tématem rady?

Rozsudek NSS 3 Afs 30/2023-48 

Nyní se podívejme blíže na samotné řízení, které vedlo k vydání rozsudku NSS 3 Afs 30/2023-48. Jádrem sporu byla daň z přidané hodnoty (DPH). Společnost (žalobkyně) si nárokovala odpočet DPH z faktur za služby – konkrétně třídicí práce – které jí měla údajně poskytnout jiná společnost v prosinci roku 2017. Finanční úřad tento nárok při daňové kontrole zpochybnil.

Jádro problému – procesní pochybení správce daně

Nejvyšší správní soud se ve svém rozhodnutí primárně nezaměřil na to, zda společnost služby skutečně poskytla, či nikoliv. Místo toho se soustředil na způsob, jakým daňové orgány (správce daně a odvolací orgán) vedly daňovou kontrolu a následné řízení.

Soud konstatoval závažné průtahy a nejasnosti (liknavost) v postupu úřadů. Daňová kontrola byla sice zahájena již v dubnu 2018, avšak tvrzený dodavatel byl správcem daně poprvé kontaktován až v září 2020. Co je však ještě podstatnější, konkrétní a řádně odůvodněné pochybnosti o tom, zda se deklarované plnění skutečně uskutečnilo, sdělil správce daně kontrolované společnosti (žalobkyni) až 5. února 2021. To bylo velmi pozdě – v době, kdy se již blížil konec základní tříleté prekluzivní lhůty pro stanovení daně za prosinec 2017 (ta měla díky přerušení lhůty skončit 25. dubna 2021).

Právě toto pozdní sdělení konkrétních pochybností vedlo k stanovení klíčové otázky Nejvyšším správním soudem, tedy zda důkazní břemeno řádně přešlo v daňovém řízení na žalobkyni. Podle základních zásad daňového řízení musí správce daně nejprve unést své důkazní břemeno tím, že prokáže existenci vážných a důvodných pochybností o souladu evidence daňového subjektu se skutečností, a to na základě konkrétních zjištění. Teprve poté je daňový subjekt povinen svá tvrzení dále prokazovat dalšími důkazy. V daném případě pozdním vyjádřením pochybností správce daně znemožnil stěžovateli dostatečně reagovat, přestože podle § 92 odst. 2 DŘ má správce daně povinnost zajistit co nejúplnější zjištění skutečností, kdy v tom není vázán jen návrhy daňových subjektů.

NSS konstatoval, že tím byla žalobkyně zbavena šance materiálně unést své důkazní břemeno. Soud rovněž poukázal na další nedostatky na straně správce daně, jako byl nekompletní spis, který si správce daně mohl vlastní činností doplnit za účelem poskytnutí součinnosti daňovému subjektu za účelem prokázání skutkového stavu. Podle NSS nelze akceptovat stav, kdy správce daně využívá důkazního břemene výlučně za účelem, aby „nachytal“ daňový subjekt na procesních úskalích daného řízení s odůvodněním, že je to daňový subjekt, kdo je zatížen důkazním břemenem (srov. bod 60 citovaného rozsudku NSS a dále srov. rozsudek NSS č. j. 2 Afs 24/2007-119, ze dne 30. ledna 2008).

Závěr NSS

Na základě těchto zjištění dospěl NSS k závěru, že daňový subjekt neměl kvůli pozdnímu a procesně nesprávnému postupu daňových orgánů reálnou možnost efektivně se bránit a navrhnout důkazy k vyvrácení pochybností. Soud explicitně kritizoval zamítnutí důkazních návrhů žalobkyně, kdy se neztotožnil s argumentací krajského soudu.

Proto Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek krajského soudu i napadené rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Žalobkyně tak ve sporu před NSS uspěla, primárně z důvodu procesních pochybení správce daně v souvislosti s blížícím se koncem prekluzivní lhůty, přičemž pro další průběh daňového řízení uvedl NSS, že správce daně nesmí vyžadovat nadměrný důkazní standard, který by efektivně znemožnil daňovému subjektu svůj požadavek prokázat.

Přestože se Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku jasně postavil na stranu daňového subjektu a zdůraznil, že daňová kontrola musí být vedena aktivně, bez průtahů a férově, neznamená rozhodnutí konec rizik spojených s daňovými kontrolami – tato rizika přetrvávají – možnost doměření daně, penále a v neposlední řadě i značné náklady a stres spojené s dlouhotrvajícími spory.

Naše advokátní kancelář disponuje týmem expertů se specializací na daňové právo. Jsme připraveni Vám pomoci chránit Vaše práva v řízení před správcem daně i před soudem a dosáhnout co nejlepšího možného výsledku.

Pokud například čelíte daňové kontrole a máte obavy – neváhejte se na nás obrátit!

Nechcete tenhle problém řešit sami? Věří nám více než 2000 klientů a jsme oceněni jako Právnická firma roku 2024. Podívejte se ZDE na naše reference.