Optimalizace daňového režimu pro softwarové startupy:

Pro zakladatele, finanční a provozní ředitele inovativních softwarových firem je tlak na inovace a současné řízení cash flow každodenní realitou. Víte ale, že stát nabízí často přehlížený nástroj, jak vaše náklady na vývoj proměnit v přímou finanční výhodu? V tomto článku vám ukážeme, jak daňový odpočet na výzkum a vývoj (VaV) funguje jako státem podporovaný nástroj pro spolufinancování inovací a jak se vyhnout daňovým chybám. 

Autor článku: ARROWS advokátní kancelář (Mgr. Petr Hanzel, LL.M., office@arws.cz, +420 245 007 740)

Daňový odpočet na VaV: Finanční supercharger pro váš softwarový startup

Každý softwarový startup se snaží inovovat, ale ne každý si uvědomuje, že samotný proces vývoje může generovat významné daňové úspory. Odpočet na výzkum a vývoj není jen další daňová úleva; je to strategický nástroj, který může zásadně ovlivnit finanční zdraví vaší firmy.

Co přesně je odpočet na VaV?

Základní mechanismus je geniálně jednoduchý. Náklady, které vynaložíte na kvalifikované projekty výzkumu a vývoje, si nejprve uplatníte jako standardní daňově uznatelný náklad. Následně si je ale můžete od základu daně odečíst ještě jednou ve výši 100 % jako speciální odčitatelnou položku.

Přeloženo do řeči čísel: z každého milionu korun, který investujete do vývojových projektů, můžete na dani z příjmů uspořit až 210 000 Kč. Nejedná se přitom o žádnou dotaci, o kterou musíte soutěžit. Jde o zákonný nárok každé firmy, která splní stanovené podmínky.

Kvalifikuje se váš software jako „experimentální vývoj“?

Zde leží jádro celého procesu a zároveň největší úskalí. Zákon o daních z příjmů se odkazuje na zákon o podpoře výzkumu a vývoje, který dále odkazuje na evropské předpisy. 

Pro softwarové firmy je klíčová definice pojmu “experimentální vývoj”. Ten je definován jako „získávání, spojování, formování a používání stávajících vědeckých, technologických, obchodních a jiných příslušných poznatků a dovedností pro návrh nových nebo podstatně zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb“. 

Nejde tedy o běžné programování. Jde o vývoj nových algoritmů, tvorbu unikátních systémových architektur pro řešení dosud nevyřešeného problému nebo integraci technologií způsobem, který je pro vaši firmu zcela nový a vytváří novou funkčnost.

Dva pilíře kvalifikace: „Prvek novosti“ a „Technická nejistota“

Aby byl váš projekt uznán, musí splňovat dvě klíčová kritéria, která finanční správa pečlivě zkoumá. Právě zde se často střetává vnímání podnikatele s přísnou realitou daňové kontroly.

Prvním kritériem je ocenitelný prvek novosti. Váš software nemusí být světovým unikátem. Stačí, když je nový nebo podstatně vylepšený v rámci vaší firmy. Klíčové je, že realizací projektu rozšiřujete vlastní know-how a získáváte nové poznatky.

Druhým, a ještě důležitějším, je vyjasnění technické nejistoty. To znamená, že výsledek projektu a cesta k němu nejsou na začátku zřejmé ani odborníkovi v dané oblasti. Váš tým musí překonávat konkrétní technické, koncepční nebo konstrukční obtíže, nikoliv jen postupovat podle známého plánu. Je zásadní odlišit technickou nejistotu od nejistoty obchodní (např. „koupí si to zákazníci?“).

Právě v tomto bodě vzniká nejvíce sporů. Zakladatel startupu přirozeně vnímá veškerý svůj vývoj jako inovativní. Daňový úředník ale pracuje s úzkou právní definicí a hledá důkazy o překonání konkrétní technické bariéry. Právníci z ARROWS vám pomohou tuto mezeru překlenout a správně klasifikovat vaše vývojové aktivity tak, aby obstály při kontrole.

Cesta k úspěchu: Návod k uplatnění odpočtu krok za krokem

Proces uplatnění odpočtu se může zdát administrativně náročný, ale s precizní přípravou je plně zvládnutelný. Představuje sérii logických kroků, kde každý z nich vyžaduje maximální přesnost.

Krok 1: „Avízo“ – Vaše nepřekročitelná startovní čára

Od novely zákona v roce 2019 je naprosto klíčovým a povinným prvním krokem podání tzv. Oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje (neformálně „avízo“) příslušnému finančnímu úřadu.

Pamatujte na zlaté pravidlo: náklady vzniklé před datem podání avíza nelze do odpočtu zahrnout. Jde o absolutní a zpětně neopravitelnou podmínku. Mezi časté chyby patří použití vágního názvu projektu (např. interní kód „Projekt X2“), podání v cizím jazyce nebo snaha zahrnout více projektů pod jedno „zastřešující“ avízo, což judikatura odmítá.

Krok 2: Tvorba neprůstřelné projektové dokumentace

Projektová dokumentace je srdcem vašeho nároku a hlavním terčem daňových kontrol. Musí být tzv. prospektivní, tedy zpracovaná a schválena před zahájením samotného řešení projektu. Musí obsahovat všechny náležitosti dle zákona o daních z příjmů:

• Základní údaje: Identifikace firmy a název projektu, který se musí shodovat s avízem.
• Cíle projektu: Nejkritičtější a nejčastěji zpochybňovaná část. Cíle musí být konkrétní, měřitelné a musí jasně popisovat prvek novosti a technickou nejistotu, kterou řešíte. Obecné fráze jako „vývoj nového systému“ neobstojí.
• Seznam odborných řešitelů: Musí být kompletní v okamžiku schválení projektu. Uvedení pouze části týmu je fatální formální chybou, která sama o sobě vede k zamítnutí odpočtu.
• Způsob kontroly a hodnocení: Nestačí uvést, že „hodnocení probíhá na poradách“. Musíte definovat, kdo hodnotí, kdy, na základě jakých konkrétních kritérií a jaké jsou výstupy (např. protokoly, zprávy o milnících).

Úspěšné firmy nechápou dokumentaci jako byrokratickou zátěž, ale integrují ji do svých projektových metodik. Požadavky zákona jsou ve skutečnosti jen formalizovaným popisem dobře řízeného projektu. V ARROWS vám pomůžeme sladit vaše stávající procesy řízení vývoje s právními požadavky a proměnit vaše projektová data v neotřesitelný důkaz pro finanční úřad.

Krok 3: Peněžní stopa – Bezchybná evidence nákladů

Zákon vyžaduje vedení oddělené evidence nákladů na VaV projekty. Tato evidence musí být auditovatelná a přímo propojená s vaším účetnictvím. Zahrnout lze především přímé náklady, jako jsou mzdy vývojářů (včetně poměrné části náhrad za dovolenou, jak potvrdil Nejvyšší správní soud ), spotřebovaný materiál nebo odpisy vývojového hardwaru.

Pozor na velkou past: náklady na služby od třetích stran (např. od freelancerů na IČO) jsou obecně z odpočtu vyloučeny. Pro startupy, které hojně využívají externí kontraktory, je to kritická informace. Právě zde je odborná konzultace nezbytná k nalezení správného smluvního a daňového nastavení.

Nevíte si s daným tématem rady?

Procházení minovým polem: Lekce z daňových kontrol a soudních rozhodnutí

Uplatnění odpočtu na VaV je jednou z nejsložitějších oblastí při daňové kontrole. Ignorování formálních požadavků není kalkulované riziko, ale finanční hazard. Nejvyšší správní soud (NSS) opakovaně potvrdil, že i jediná formální chyba může vést k zamítnutí celého odpočtu.

Klíčové poznatky z judikatury NSS:

• Mýtus proporcionality: Soudy neposuzují „ducha inovace“ oproti drobným formálním chybám. Geniální projekt se špatnou dokumentací u kontroly neprojde.
• Past „zastřešujících projektů“: NSS opakovaně zamítl tzv. „umbrella“ projekty, kde se firmy snaží pod jeden velký VaV projekt schovat řadu menších zakázek. Každý projekt musí být unikátní a mít vlastní dokumentaci.
• Důkazní břemeno je na vás: Při sporu musíte vy aktivně prokazovat svůj nárok. Finančnímu úřadu stačí vznést důvodnou pochybnost. V klíčovém sporu softwarová firma neprokázala, jak se práce jejího týmu lišila od práce dodavatele, a o odpočet přišla.

Následující tabulka shrnuje největší rizika a ukazuje, jak vám s nimi můžeme pomoci.

Kritická rizika u tuzemských odpočtů na VaV a řešení od ARROWS

Riziko k řešení	Potenciální problémy a sankce	Jak pomáhá ARROWS
1. Neprospektivní projektová dokumentace	Okamžité zamítnutí celého odpočtu. Doměření daně a penále za celé období.	Příprava a revize kompletní projektové dokumentace před zahájením projektu, zajištění souladu s judikaturou NSS.
2. Vágně definované cíle a prvek novosti	Zpochybnění, zda se vůbec jedná o VaV. Správce daně neuzná nárok.	Právní konzultace a stanoviska k definování cílů tak, aby jasně prokazovaly technickou nejistotu a inovativní přínos.
3. Nedostatečný způsob kontroly a hodnocení	Formální vada vedoucí k zamítnutí odpočtu, i když projekt reálně probíhal.	Vyhotovení interních směrnic pro řízení a evaluaci VaV projektů, které jsou v souladu s požadavky zákona a praxí FÚ.
4. Neúplný seznam řešitelů v dokumentaci	Závažná formální vada, která sama o sobě stačí k neuznání celého odpočtu.	Příprava dokumentace, která ochrání před pokutami, zajištěním kompletnosti všech formálních náležitostí od samého počátku.
5. Nedostatečná oddělená evidence nákladů	Nemožnost prokázat výši nákladů, neuznání části nebo celého odpočtu.	Odborná školení pro finanční oddělení a management, jak správně nastavit účetní a evidenční systémy pro VaV.
6. Zahrnutí neuznatelných nákladů (např. služby od IČO)	Vyloučení těchto nákladů, snížení odpočtu, potenciální penále.	Právní konzultace k posouzení struktury nákladů a smluv s dodavateli, minimalizace rizika neuznatelných položek.
7. Zpochybnění vlastní činnosti vs. subdodávky	Neuznání odpočtu, pokud nelze prokázat vlastní klíčový přínos k inovacím.	Příprava nebo revize smluv s dodavateli a interní dokumentace tak, aby jasně vymezovaly a prokazovaly vlastní VaV činnost klienta.

Na koho se můžete obrátit:

Globální ambice, lokální daňové pasti: Mezinárodní rozměr VaV

Moderní softwarové firmy jsou často globální od prvního dne. Máte vývojáře v Polsku? Platíte za cloudové služby irské firmě? Prodáváte licence do USA? Každá taková transakce přidává další vrstvu daňové a právní složitosti.

Když je váš tým nebo trh globální

Mezinárodní působení spouští komplexní daňové mechanismy, které mohou zcela zhatit přínosy tuzemského odpočtu:

• Stálá provozovna: Zaměstnávání vývojářů nebo i jen klíčového manažera v zahraničí může vést ke vzniku tzv. stálé provozovny. To znamená povinnost registrovat se k daním a podávat daňová přiznání v dané zemi, což je často nečekaný a nákladný problém.
• Převodní ceny: Pokud je váš vývoj financován zahraniční matkou nebo výsledné duševní vlastnictví (IP) licencujete zahraniční dceři, musí být cena těchto transakcí tržní („arm's length“). Nesprávné nastavení může vést k masivním daňovým doměrkům v obou zemích.
• Srážková daň: Platby za softwarové licence nebo technické služby do zahraničí mohou podléhat české srážkové dani. Za její správné sražení a odvedení státu ručíte vy jako česká firma.

Řešení těchto problémů je přesně důvod, proč jsme deset let budovali naši síť ARROWS International. Poskytujeme jediný kontaktní bod pro koordinaci právního a daňového poradenství napříč jurisdikcemi. Zajišťujeme, aby strategie optimalizace českých odpočtů nevytvořila nečekaný daňový požár v Německu nebo USA. Prakticky denně řešíme daňové a právní otázky s mezinárodním prvkem pro naše klienty.

Mezinárodní daňová rizika pro inovativní startupy a řešení od ARROWS

Riziko k řešení	Potenciální problémy a sankce	Jak pomáhá ARROWS
1. Nechtěný vznik stálé provozovny v zahraničí	Dvojí zdanění, povinnost registrace a podávání daňových přiznání v cizí zemi, vysoké pokuty.	Zastupování u správních orgánů (domácích i zahraničních) a právní stanoviska k posouzení rizika a strukturování mezinárodní přítomnosti.
2. Nesprávné nastavení převodních cen za IP/služby	Doměření daně v ČR i v zahraničí, úroky z prodlení, spory s více finančními správami najednou.	Příprava a revize smluv a transfer pricingové dokumentace ve spolupráci se sítí ARROWS International.
3. Nesprávné uplatnění srážkové daně u licencí a služeb	Plátce (česká firma) ručí za neodvedenou daň, sankce ze strany českého FÚ.	Právní konzultace a příprava podkladů pro správnou aplikaci smluv o zamezení dvojího zdanění a zajištění osvobození.
4. Dvojí zdanění příjmů z mezinárodních projektů	Výrazné snížení ziskovosti, komplexní a drahé řešení sporů.	Využití sítě ARROWS International k zajištění efektivní aplikace metod zamezení dvojího zdanění (zápočet, vynětí).
5. Právní nejistota u smluv s mezinárodními vývojáři/týmy	Spory o vlastnictví IP, nejasné daňové povinnosti, porušení zahraničního pracovního práva.	Příprava a revize mezinárodních smluv (o dílo, licenčních, pracovních) s ohledem na právo a daňové dopady ve všech relevantních zemích.
6. Nezískání potřebných licencí pro mezinárodní prodej softwaru	Zákaz prodeje na klíčových trzích, pokuty od zahraničních regulátorů.	Získání licencí nebo potřebných povolení prostřednictvím lokálních expertů v síti ARROWS International.

Váš partner v inovacích a růstu: Proč je ARROWS správná volba

Odpočet na výzkum a vývoj představuje pro softwarové startupy obrovskou příležitost, jak akcelerovat růst. Cesta k němu je však dlážděna právními a administrativními nástrahami, a to jak na domácí, tak na mezinárodní scéně. Pokoušet se o to bez expertního vedení není kalkulované riziko; je to finanční sázka, kterou si nemůžete dovolit prohrát.

Naše zkušenosti z dlouhodobé spolupráce s více než 150 akciovými společnostmi a 250 s.r.o. nám dávají unikátní vhled do problémů, kterým čelíte. Ať už potřebujete vyhotovit interní směrnice, připravit neprůstřelnou projektovou dokumentaci, zastupovat při daňové kontrole, nebo proškolit váš tým, jsme tu pro vás.

Jsme právníci, kteří rozumí byznysu. Zakládáme si na rychlosti a vysoké kvalitě. A co víc, rádi propojujeme naše klienty, pokud vidíme zajímavé investiční či obchodní příležitosti. Váš úspěch je i naším úspěchem.

Nečekejte, až se ozve finanční úřad. Udělejte první krok k bezpečnému a efektivnímu financování vašich inovací. Kontaktujte nás a domluvte si nezávaznou konzultaci. Probereme vaši situaci a ukážeme vám, jak může odpočet na výzkum a vývoj akcelerovat růst právě vaší firmy.

Nechcete tenhle problém řešit sami? Advokátní kanceláři ARROWS věří více než 2000 klientů a jsme oceněni jako Právnická firma roku 2024. Podívejte se ZDE na naše reference a bude nám ctí pomoci vám při řešení vašeho problému. Poptávka je zdarma.