Investice do inovací ve firmě: Jak využít daňové odpisy a ušetřit na daních

JUDr. Jakub Dohnal, Ph.D., LL.M.
JUDr. Jakub Dohnal, Ph.D., LL.M.
25.5.2026 | ARROWS advokátní kancelář

Investice do inovací, jako jsou nové stroje, robotizace či digitalizace, jsou klíčové pro konkurenceschopnost firem. Správné uplatnění daňových odpisů dlouhodobého majetku je nezbytné pro úsporu nákladů a minimalizaci daňových rizik. Tento článek vysvětluje, jak využít rychlejší odpisy, jak fungují stávající pravidla a jak je kombinovat s inovacemi.

Ilustrativní snímek zachycuje advokáty diskutujícího o tématu daňové odpisy dlouhodobého majetku.

Shrnutí v bodech: 

  • Investice do inovací (stroje, technologie, software) umožňují výrazně ovlivnit daňovou zátěž, pokud jsou správně nastavené účetní a daňové odpisy.
  • U hmotného majetku lze volit zrychlené odpisy či speciální režimy (např. mimořádné odpisy bezemisních vozidel), které zlepší cash‑flow v prvních letech.
  • U nehmotného majetku a projektů výzkumu a vývoje je klíčové správné rozlišení, dokumentace a možnost kombinovat odpisy s daňovým odpočtem na VaV.
  • Největší rizika jsou špatná klasifikace investic, kolize s dotacemi a nedostatečná dokumentace, což může vést k doměrku daně, sankcím a sporům s finanční správou.

Právní rámec odpisů a inovací v roce 2026

V České republice se uplatňují pravidla pro daňové odpisování dlouhodobého majetku podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „ZDP“), a souvisejících účetních předpisů, zejména zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví (dále jen „ZoÚ“). Ačkoliv v posledních letech proběhly dílčí změny, základní principy daňového odpisování dlouhodobého majetku zůstávají zachovány. Pokud jste naposledy nastavovali investiční a odpisovou strategii před několika lety, je poměrně jisté, že bude potřeba ji aktualizovat s ohledem na aktuální znění předpisů a judikaturu.

ZDP stanovuje hodnotový limit pro majetek, který se pro daňové účely povinně odepisuje. U hmotného majetku činí tento limit 80 000 Kč. Prakticky to znamená, že majetek s pořizovací cenou nižší než 80 000 Kč lze uplatnit jednorázově jako daňový náklad, pokud splňuje obecné podmínky daňové uznatelnosti.

Dražší hmotný majetek je nutné rozkládat do nákladů postupně formou odpisů. U inovací to typicky zasáhne kvalitnější IT vybavení, sofistikovanější stroje, průmyslové technologie i větší softwarové licence, které často limit překračují. U softwaru a licencí bývá pro daňové posouzení klíčové správně nastavit smluvní a licenční podmínky, což spadá i do oblasti it a softwarového práva a kyberbezpečnosti.

Stále platí systém šesti daňových odpisových skupin (1–6), navázaný na klasifikaci [CZ-CPA], který určuje minimální dobu odpisování pro jednotlivé druhy majetku. Například do 2. odpisové skupiny s minimální dobou odpisování 5 let patří většina strojů a technologií.

Do 3. odpisové skupiny (10 let) spadají například speciální stroje a do 5. či 6. odpisové skupiny (30 či 50 let) nemovitosti. Většina inovativního majetku – stroje, technologie, IT – tak bude daňově odepisována po dobu 5 nebo 10 let.

Daňové odpisy se počítají ročně, a to za celé zdaňovací období. Při plánování investic do digitalizace může pomoci i praktický rozbor, kde je hranice mezi nákladem a dlouhodobým majetkem v článku Daňové řešení IT investic a softwaru: Hranice mezi běžným nákladem a majetkem při digitalizaci firmy. Poplatník má stále možnost volby mezi rovnoměrným a zrychleným daňovým odpisováním, přičemž odpisy lze za určitých podmínek přerušit. Volba metody odpisování je významným nástrojem daňové optimalizace, neboť umožňuje ovlivnit cash flow v prvních letech investice. Současně je vhodné průběžně vyhodnocovat i rizikové položky v nákladech, protože při kontrole se často řeší jejich obhajitelnost – viz Rizikové položky v daňovém přiznání 2026: Na jaké firemní náklady si dát pozor a jak je bezpečně obhájit.

Je důležité odlišit, že účetní odpisy a daňové odpisy nejsou totéž. Účetní odpisy vyjadřují ekonomické opotřebení majetku podle reálné doby využitelnosti a slouží k co nejvěrnějšímu zobrazení výsledku hospodaření firmy.

Daňové odpisy jsou naproti tomu konstruktem ZDP a slouží k určení, jak rychle může podnikatel převést pořizovací cenu majetku do daňově uznatelných nákladů. Rozdíl mezi účetními a daňovými odpisy může být v praxi značný, zejména u specifických inovativních aktiv, jako je software či výsledky výzkumu a vývoje.

Současně s daňovými předpisy proběhly změny i v účetnictví. Novelizace zákona o účetnictví, účinná převážně od 1. ledna 2024, zavedla nové vymezení velikostních kategorií účetních jednotek (mikro, malá, střední, velká).

Tyto kategorie mají vliv na povinnost auditu a rozsah účetní závěrky. Limity pro aktiva, obrat a počet zaměstnanců byly zvýšeny, což řadě firem umožní zůstat v nižší kategorii i při vyšším obratu či bilanční sumě.

Přestože tyto změny nejsou přímo o odpisování, ovlivňují například, zda bude účetní závěrka podrobena povinnému auditu – a tedy i jak moc si firma může dovolit „hrát“ s odpisovými plány bez toho, aby to auditor rozporoval.

Novelizace ZoÚ rovněž otevírá širší možnost využití mezinárodních účetních standardů, zejména IFRS. U skupin a firem s investory se tyto otázky často propojují i s nastavením struktury a vnitroskupinových pravidel, což typicky řeší korporátní právo, holdingy a struktury. To je relevantní pro podniky s mezinárodními investory nebo pro skupiny, které reportují výsledky podle IFRS.

Odpisová politika v prostředí IFRS může být výrazně flexibilnější, ale zároveň náročnější na správné nastavení a zdůvodnění. Právě zde se propojuje právní a účetní pohled s daňovou strategií a je velmi snadné, aby i zkušený management přehlédl některé z návazností.

Právníci z ARROWS advokátní kanceláře v praxi často řeší případy, kdy podnikatelé správně identifikují potenciál inovací, ale podcení komplexnost jejich účetního a daňového zachycení. V prostředí aktuální právní úpravy se přitom malé formální chyby mohou promítnout do odmítnutí daňové uznatelnosti odpisů nebo do zbytečných sporů s finančním úřadem. Včasná revize investičních a odpisových plánů je proto i v roce 2026 pro řadu firem rozumným krokem.

Jak dnes fungují daňové a účetní odpisy

Aby bylo možné smysluplně uvažovat o rychlejších odpisech v kontextu inovací, je potřeba nejprve rozumět základnímu mechanizmu odpisování. Dlouhodobý majetek – hmotný i nehmotný – je majetek, který firma používá déle než jeden rok a jehož hodnota se nevyčerpá jednorázově, ale postupně se opotřebovává. Typicky jde o výrobní stroje, technologie, vozidla, budovy, ale také software, licence či výsledky výzkumu a vývoje. Cílem odpisování je rozložit pořizovací cenu majetku do nákladů tak, aby odpovídala době jeho využití a současně respektovala pravidla ZDP.

Z účetního pohledu se dlouhodobý majetek odepisuje podle odpisového plánu, který si stanoví sama účetní jednotka na základě předpokládané doby použitelnosti majetku. Účetní odpisy tak mají co nejlépe zachytit ekonomické opotřebení majetku a nemusí se shodovat s odpisy daňovými.

U nehmotného majetku – například software či know-how – účetní předpisy kladou důraz na odborný odhad doby využitelnosti. Účetní odpisy se počítají s přesností na měsíce, zpravidla od měsíce následujícího po zařazení majetku do užívání.

Pro daňové účely je zásadní, zda majetek splňuje definici odpisovaného hmotného či nehmotného majetku podle ZDP a zda jeho pořizovací cena přesahuje hodnotový limit. U hmotného majetku se požaduje, aby šlo o samostatnou věc s dobou použitelnosti delší než jeden rok, používanou k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů.

Aktuální hranice pro daňové odpisování u hmotného majetku je 80 000 Kč. U majetku pod limitem je možné pořizovací cenu uplatnit přímo do nákladů v roce pořízení, což může být u menších inovativních nákupů (například jednotlivé notebooky, menší software) cash-flowově velmi atraktivní.

Zásadní skutečností je, že pro nový hmotný majetek má podnikatel stále možnost volby mezi rovnoměrnou a zrychlenou metodou daňového odpisování. Historicky zákon umožňoval rovnoměrné odpisy, kdy se majetek odepisoval stejnou sazbou po celou dobu (s výjimkou prvního roku), a zrychlené odpisy, kdy se vyšší částka uplatnila v prvních letech a postupně klesala.

Zrychlené odpisy jsou oblíbeným nástrojem daňové optimalizace u movitého majetku, zejména u strojů a vozidel, protože umožňují rychleji snížit základ daně a zlepšit cash flow v prvních letech investice. Daňové odpisy jsou roční a za splnění podmínek je lze i přerušit.

U nehmotného majetku došlo v posledních letech k zásadní změně. Od roku 2020 byla pro nově pořizovaný nehmotný majetek zrušena kategorie daňových odpisů v ZDP. Daňově uznatelné jsou nyní účetní odpisy nehmotného majetku, pokud respektují jeho ekonomickou dobu využití.

ZDP však obsahuje specifická pravidla například pro daňové odpisování práv k nehmotným výsledkům výzkumu a vývoje pořízených úplatně a pro některé složky pořizovací ceny obchodního závodu. V praxi tak bude nezbytné posoudit, zda konkrétní nehmotné aktivum spadá do obecného režimu účetních odpisů pro daňové účely, nebo zda pro něj platí speciální úprava ZDP, a odlišit situace, kdy lze náklad uplatnit jednorázově (například u levnějších licencí nebo u některých služeb).

Z pohledu inovativních firem je důležité, že většina investic do moderních technologií – výrobní stroje, robotické linky, sofistikované měřicí přístroje, servery, průmyslové IT – spadá pod stávající systém odpisových skupin, typicky do 2. odpisové skupiny s minimální dobou odpisování 5 let. V kombinaci s dalšími nástroji daňové podpory, například odpočtem na výzkum a vývoj, může být efekt na daňovou zátěž stále velmi významný.

Související otázky k základům odpisů

1. Jak poznám, zda musím majetek odepisovat, nebo ho mohu dát rovnou do nákladů?
Stručně řečeno, rozhoduje kombinace hodnoty a doby použitelnosti. Pokud pořizovací cena hmotného majetku přesáhne 80 000 Kč a majetek budete používat déle než jeden rok, půjde typicky o odpisovaný majetek, který musíte daňově odepisovat podle ZDP. U nižších částek lze zpravidla náklad uplatnit jednorázově, ale vždy je potřeba ověřit konkrétní typ majetku a jeho vazbu na podnikání. U nehmotného majetku se daňově uznatelné účetní odpisy odvíjejí od doby použitelnosti a ceny.

2. Mohu si pro nový majetek zvolit zrychlené odpisy, když bych chtěl investici daňově „urychlit“?
Ano, u nového hmotného majetku máte stále možnost volby mezi rovnoměrnými a zrychlenými daňovými odpisy podle ZDP. Zrychlená metoda umožňuje uplatnit vyšší odpisy v prvních letech odpisování, což může vést k rychlejšímu snížení základu daně.

3. Proč se stále vyplatí odlišovat účetní a daňové odpisy?
Protože účetní odpisy mají zobrazovat ekonomickou realitu, zatímco daňové jsou nástrojem pro výpočet základu daně a řídí se zákonnými minimy a omezeními. Rozumně nastavený rozdíl mezi účetním a daňovým odpisováním může firmě pomoci jak při jednání s bankami a investory, tak při plánování daňové zátěže; vhodné nastavení je typické téma, se kterým právníci z ARROWS advokátní kanceláře spolu s daňovými poradci klientům pomáhají.

Kde ještě využijete zrychlené odpisy a další „rychlejší“ režimy

Ačkoliv základní principy daňového odpisování pro většinu majetku zůstávají stejné, existují situace, kdy lze využít zrychlené nebo mimořádně krátké odpisy. V praxi se se zrychlenými nebo rychlejšími odpisy setkáte ve třech hlavních situacích: u majetku, pro který byla zvolena zrychlená metoda, u bezemisních vozidel v režimu mimořádných odpisů a u některých speciálních režimů, typicky v oblasti energetiky. Kromě toho lze určitou formu „zrychlení“ dosáhnout i prostřednictvím účetních odpisů, byť bez okamžitého daňového efektu.

Klasické zrychlené odpisy pro hmotný majetek

Pro hmotný majetek, který zařadíte do užívání, můžete i nadále zvolit zrychlenou metodu odpisování, která umožňuje rychleji získat daňovou úsporu v prvních letech po investici. Zrychlené odpisy fungují tak, že v prvním roce je uplatněna vyšší část vstupní ceny díky speciálním koeficientům.

V dalších letech se odpis počítá ze zůstatkové ceny majetku, takže částka odpisu postupně klesá. Tento model je pro inovativní firmy atraktivní zejména proto, že umožní rychleji snížit základ daně a zlepšit cash flow v prvních letech po investici, kdy jsou často nejvyšší náklady na zavedení technologie a kdy firma potřebuje co nejvíce volných prostředků.

Je potřeba důsledně sledovat, jak se tato aktiva promítají do celkové daňové pozice firmy. Právníci z ARROWS advokátní kanceláře v takových situacích často nastavují klientům interní odpisové mapy, aby management přesně viděl, které investice jsou v jakém daňovém režimu a jaký mají dopad na plánovanou daňovou zátěž.

Mimořádné odpisy bezemisních vozidel do roku 2028

Specifickou formou „zrychleného“ daňového odpisování jsou mimořádné odpisy bezemisních vozidel, které mohou podnikatelé využívat pro elektromobily a další bezemisní automobily pořízené v období od roku 2024 do roku 2028. Standardně se osobní automobily zařazují do druhé odpisové skupiny s minimální dobou daňového odpisování pět let, takže pořizovací cenu nelze uplatnit najednou, ale pouze postupně.

Mimořádné odpisy však umožňují bezemisní vozidla odepsat rovnoměrně do 100 % vstupní ceny již za 24 měsíců, a to tak, že v prvním roce uplatníte 60 % a ve druhém 40 % vstupní ceny.

Podmínkou pro uplatnění mimořádných odpisů je zejména to, aby šlo skutečně o bezemisní vozidlo, typicky elektromobil nebo vodíkové vozidlo bez emisí CO₂, a aby byl poplatník prvním odpisovatelem. Mimořádné odpisy nelze přerušit, běží bez přerušení po celé dvouleté období.

Je přitom potřeba současně respektovat omezení uznatelnosti odpisů u osobních automobilů s pořizovací cenou nad dva miliony korun, kdy odpisy z částky nad tuto hranici nejsou pro daňové účely uznatelné, což se týká i elektromobilů.

Zákon o DPH současně omezuje možnost odpočtu DPH u osobních automobilů, když stanoví nárok na odpočet pouze do výše odpovídající základu daně 2 miliony Kč, nad tuto hranici se neuznaná DPH stává součástí pořizovací ceny vozidla.

Pro inovativní firmy, které řeší modernizaci flotily a přechod na bezemisní dopravu, znamenají mimořádné odpisy významnou daňovou podporu. Krátká doba odpisování snižuje daňovou zátěž v prvních dvou letech, kdy jsou náklady na zavedení elektromobility nejvyšší (nabíjecí infrastruktura, interní procesy, školení).

Zároveň je ale nutné od začátku počítat s limitem daňové uznatelnosti odpisů u dražších vozidel a koordinovat s tím například nastavení zaměstnaneckých benefitů, protože u bezemisních aut se uplatňují jiné sazby nepeněžního příjmu zaměstnance (například 0,25 % z ceny místo 1 %).

Kombinace mimořádných odpisů, omezení uznatelnosti a benefitů pro zaměstnance je typickým příkladem komplexní situace, kterou je vhodné řešit s právníky a daňovými poradci – a právníci z ARROWS advokátní kanceláře takové struktury pro klienty běžně připravují.

Speciální režimy a časové odpisy (například fotovoltaické elektrárny)

Další oblastí, kde se pracuje se specificky nastavenou dobou odpisování, jsou některé speciální režimy. U technologické části fotovoltaických elektráren uvedených do provozu před určitými legislativními změnami se uplatňovalo časové odpisování po dobu 240 měsíců, tedy 20 let, formou rovnoměrného měsíčního odpisu bez možnosti přerušení.

Pozdější novelizace přinesly pro novější instalace možnost zařazení do odpisových skupin a možnost volby mezi rovnoměrným a zrychleným odpisováním, přičemž konkrétní režim závisí na datu zahájení odpisování a přechodných ustanoveních.

Pro firmy investující do vlastních obnovitelných zdrojů energie – ať už jde o střešní fotovoltaiky na výrobních halách nebo větší instalace – je proto nutné detailně analyzovat, do jakého legislativního období projekt spadá a jaký odpisový režim se uplatní. U některých projektů tak může být možná kombinace klasického daňového odpisování v nižších odpisových skupinách s podporou z dotačních programů, například z Operačního programu Technologie a aplikace pro konkurenceschopnost (OP TAK) nebo prostřednictvím bezúročných úvěrů od Národní rozvojové banky.

Zároveň je však vždy nutné pamatovat na to, že přijaté dotace snižují daňovou vstupní cenu majetku, ze které se odpisy počítají, takže nominální výše dotace musí být zohledněna i v odpisové strategii.

Účetní „zrychlené“ odpisy a jejich role

Vedle daňových odpisů může hrát významnou roli i účetní odpisování, zejména u nehmotného majetku a u majetku, kde zákon nenabízí žádné speciální daňové zrychlení. Účetní odpisy se odvíjejí od předpokládané doby použitelnosti majetku, přičemž účetní jednotka může rozhodnout o kratší době odpisování, pokud má oporu ve skutečném ekonomickém opotřebení. 

To může být relevantní například u technologických inovací, které rychle morálně zastarávají (specializovaný software, unikátní zařízení, experimentální technologie), i když zákonná minimální doba daňového odpisování je delší.

Z účetního pohledu tak může být možné majetek „zrychleně“ odepsat například během tří let, zatímco daňově je nutné dodržet pěti- nebo desetileté minimum pro danou odpisovou skupinu, nebo zohlednit specifická pravidla pro nehmotný majetek.

Rozdíl mezi účetní a daňovou zůstatkovou cenou je pak třeba sledovat a správně vykazovat v odložené dani, ujistit se, že je odpisový plán náležitě zdokumentovaný a obhajitelný například před auditorem. I když účetní zrychlení samo o sobě nepřinese okamžitou daňovou úsporu, může ovlivnit výsledky hospodaření, ukazatele zadluženosti, jednání s bankami či rozhodování investorů. 

Právníci z ARROWS advokátní kanceláře proto v praxi často spolupracují s účetními a auditory při nastavování odpisových plánů nejen z pohledu ZDP, ale i z hlediska obchodního zákoníku a povinnosti vedení jednat s péčí řádného hospodáře.

Související otázky k zrychleným odpisům v praxi

1. Můžeme u nového stroje pořízeného v roce 2026 použít zrychlené odpisy, když jde o technologickou inovaci?
Ano, u nového hmotného majetku pořízeného v roce 2026 je stále možné zvolit zrychlené daňové odpisy podle ZDP, pokud je stroj zařazen do příslušné odpisové skupiny. Zrychlené odpisy lze využít i u speciálních režimů, například u bezemisních vozidel v rámci mimořádných odpisů.

2. Jak se rozhodnout, zda u bezemisních vozidel využít mimořádné odpisy?
Rozhodnutí závisí zejména na plánovaném horizontu držení vozidla, cash-flow firmy a na tom, zda jste prvním odpisovatelem. Mimořádné odpisy přinášejí silný daňový efekt v prvních dvou letech, ale současně je nutné počítat s limitem daňové uznatelnosti odpisů nad dva miliony korun a s omezením odpočtu DPH. Typicky dává smysl provést modelaci více variant, s čímž vám mohou právníci z ARROWS advokátní kanceláře ve spolupráci s daňovými specialisty pomoci.

3. Lze „přesunout“ majetek pořízený v roce 2025 do nového režimu odpisování, pokud by to pro nás bylo výhodnější?
Obecně platí princip kontinuity odpisování – jakmile majetek zařadíte a začnete jej odepisovat podle platných pravidel, nelze režim svévolně měnit. Přechodná ustanovení sice mohou v konkrétních odvětvích připustit volbu mezi speciálním časovým odpisem a klasickými odpisovými skupinami, ale vždy je nutné respektovat konkrétní zákonné znění a individuální situaci projektu.

Investice do inovací: stroje, technologie, software a výzkum

Investice do inovací mají mnoho podob. Někdy jde o pořízení moderního CNC stroje, který umožní vyrábět s vyšší přesností a nižší chybovostí. Jindy jde o implementaci komplexního ERP systému, nasazení AI nástrojů nebo vybudování vlastní fotovoltaické elektrárny na střeše haly. Z daňového a právního hlediska je přitom klíčové správně určit, zda jde o hmotný či nehmotný majetek, zda je třeba ho odepisovat a jakou dobu odpisování lze a musí použít.

Hmotný majetek: výrobní technologie, robotizace a infrastruktura

Hmotný majetek zahrnuje samostatné movité věci, budovy, stavby a jejich soubory, které mají dobu použitelnosti delší než jeden rok a pořizovací cenu nad hranicí stanovenou zákonem (80 000 Kč). U inovací jde typicky o nové výrobní stroje, robotické linky, specializované měřicí přístroje, logistické technologie, ale i infrastrukturní investice, jako jsou haly, sklady či energetické instalace. Většina movitého hmotného majetku pro inovace spadá do 2. odpisové skupiny s minimální dobou odpisování 5 let.

Investice do výrobních technologií jsou často spojeny také s dotačními programy, například s výzvami Inovace v rámci Operačního programu Technologie a aplikace pro konkurenceschopnost (OP TAK), které podporují produktové a procesní inovace a umožňují získat dotaci na nové stroje, technologie a související software.

Takové projekty mohou pokrýt dotací 15–45 % způsobilých nákladů, ale vyžadují, aby pořízené technologie sloužily k zavedení výsledků výzkumu a vývoje do výroby a aby projekt dosahoval minimálně určité úrovně technologické připravenosti (TRL). Z daňového pohledu je nutné dotaci zohlednit tak, že sníží daňovou vstupní cenu majetku, ze které se počítají odpisy, aby nedocházelo k dvojímu zvýhodnění.

U budov a staveb je situace složitější, protože se na ně vztahují delší doby odpisování. Administrativní budovy, haly či hotely jsou historicky zařazeny do vyšších odpisových skupin (např. 5. odpisová skupina s minimální dobou 30 let, 6. odpisová skupina s minimální dobou 50 let).

Investice do nemovitostí pro účely inovací (například nové vývojové centrum) tak mají daňově pomalejší návratnost než investice do strojů nebo IT. Při zvažování, zda určitý zásah do budovy představuje technické zhodnocení (které se promítne do vstupní ceny a odpisování), nebo opravu (která jde přímo do nákladů), je nutné postupovat obezřetně. Nesprávná kvalifikace může vést k doměření daně a sankcím, protože technické zhodnocení přesahující zákonný limit musí být kapitalizováno a odepisováno.

Nehmotný majetek: software, licence a výsledky výzkumu a vývoje

V oblasti inovací má zásadní význam i nehmotný majetek. Patří sem software, licence, know-how, patenty, nehmotné výsledky výzkumu a vývoje, goodwill či zřizovací výdaje. U software a dalších nehmotných aktiv, která firma využívá déle než jeden rok a mají vyšší hodnotu, je třeba posoudit, zda jde o dlouhodobý nehmotný majetek podle účetních předpisů a jakou dobu odpisování je možné nebo povinné pro daňové účely použít.

Daňová pravidla pro nehmotný majetek prošla v roce 2020 zásadní změnou, kdy byla pro nově pořízený nehmotný majetek zrušena kategorie daňových odpisů v ZDP. Účetní odpisy tohoto majetku jsou nyní daňově uznatelné, pokud respektují ekonomickou dobu jeho využití.

ZDP však v § 32a odst. 4 stanovuje specifické pravidlo pro daňové odpisování práv k nehmotným výsledkům výzkumu a vývoje pořízených úplatně, které se odepisují rovnoměrně po dobu 36 měsíců. Dále se speciální pravidla uplatní u některých složek pořizovací ceny obchodního závodu. V praxi je tak nezbytné posoudit, zda konkrétní nehmotné aktivum spadá do obecného režimu účetních odpisů pro daňové účely, nebo zda pro něj platí speciální úprava ZDP.

Pro inovativní firmy je například typické pořízení velkých softwarových řešení – ERP, CRM, PLM, MES, CAD/CAM – nebo vývoj vlastních softwarových produktů a AI modelů. V případě nákupu licence za úplatu, pokud cena přesahuje limit pro dlouhodobý nehmotný majetek dle účetních předpisů a doba využití je delší než rok, půjde zpravidla o majetek, který bude nutné účetně odepisovat a jehož odpisy budou daňově uznatelné.

U vlastního vývoje je třeba rozlišit, zda jde o náklady na výzkum a vývoj, které lze uplatnit v rámci odpočtu na VaV, a zda výstup představuje nehmotný majetek, který bude firma dlouhodobě využívat a který je třeba účetně odepisovat.

Specifickým tématem je goodwill, tedy rozdíl mezi kupní cenou obchodního závodu a souhrnem přeceněných složek majetku a dluhů při akvizici společnosti. Z účetního hlediska se goodwill odepisuje maximálně po dobu jeho hospodářské využitelnosti, nejvýše však 120 měsíců (pro podniky, které neaplikují IFRS).

Pro daňové účely je součástí odpisování složek pořizovací ceny obchodního závodu a lze jej daňově uznatelnými odpisy rozložit po dobu 180 měsíců za splnění podmínek ZDP (§ 32a odst. 4). V akviziční praxi má nastavení odpisování goodwillu zásadní dopad na daňovou efektivitu transakce, a proto je důležité, aby právní a daňové týmy akvizici strukturovaly s ohledem na tyto parametry.

Odpočet na výzkum a vývoj jako „druhá kolej“ k odpisům

Vedle odpisů představuje významný nástroj podpory inovací daňový odpočet na výzkum a vývoj. Náklady na projekty výzkumu a vývoje, které splní zákonná kritéria – zejména ocenitelný prvek novosti a existenci výzkumné nebo technické nejistoty – si může firma uplatnit dvakrát: jednou jako běžný daňový náklad a podruhé jako odpočet od základu daně.

Aktuální úprava zvyšuje podporu těchto nákladů tak, že až do výše 50 milionů Kč lze uplatnit odpočet ve výši 150 % uznatelných nákladů, nad tento limit pak ve výši 100 %. Lhůta pro uplatnění odpočtu byla prodloužena na pět let, takže firma může odpočet uplatnit i zpětně v následujících zdaňovacích obdobích.

V praxi tedy může inovativní firma kombinovat daňové odpisy dlouhodobého majetku, který byl pořízen v rámci výzkumného či inovačního projektu (například prototypové vybavení, testovací infrastruktura, specializovaný software), s odpočtem na výzkum a vývoj za související mzdové a další provozní náklady. Zásadní je však správně vymezit, co je ještě výzkumný projekt splňující zákonná kritéria, a vést oddělenou evidenci uplatnitelných nákladů.

Finanční správa klade v této oblasti velký důraz na projektovou dokumentaci a schopnost daňového subjektu prokázat existenci ocenitelného prvku novosti a technické nejistoty. Právníci z ARROWS advokátní kanceláře se v praxi často zapojují již při nastavování procesů pro identifikaci a dokumentaci projektů VaV, aby klienti dokázali odpočet bezpečně využívat a současně minimalizovali riziko jeho zpětného zpochybnění při kontrole.

Tabulka rizik spojených s inovacemi a odpisy

Možné problémy

Jak pomáhá ARROWS (office@arws.cz)

Chybná kvalifikace investice: jednorázový náklad vs. odpisovaný majetek.

Právní a daňová analýza: nastavíme hranice mezi provozním nákladem, dlouhodobým majetkem a technickým zhodnocením, připravíme interní metodiku a revizi smluv, aby byly důkazy pro finanční úřad jednoznačné.

Nesprávné určení doby odpisování u inovativního majetku (software, výzkumná infrastruktura).

Odborné stanovisko: posoudíme povahu majetku, doporučíme bezpečnou dobu odpisování v souladu se zákonem a účetními standardy a připravíme odůvodnění pro auditora i finanční správu.

Kolize dotace a odpisů (dvojnásobné zvýhodnění, nesprávná vstupní cena).

Strukturování projektu: sladíme dotační podmínky s daňovou strategií, nastavíme snížení vstupní ceny o dotaci a pohlídáme, aby nedošlo k porušení pravidel veřejné podpory.

Rizikové využití odpočtu na výzkum a vývoj bez pevného vymezení projektů.

Nastavení procesů: pomůžeme definovat projekty VaV, připravit projektovou dokumentaci, interní postupy a vzory, aby odpočet obstál při kontrole, a v případě sporu klienta zastoupíme.

Nejednotný přístup v rámci skupiny (rozdílné odpisování v dceřiných společnostech).

Skupinová politika: připravíme konsistentní odpisovou a investiční politiku pro celou skupinu, včetně přeshraničních aspektů díky síti ARROWS International, aby reporting a daně dávaly dohromady smysl.

Pokud ve své firmě zvažujete větší inovační projekt a chcete mít jistotu, že je nastavený právně, daňově i dotačně konzistentně, má smysl zapojit právníky z ARROWS advokátní kanceláře již ve fázi přípravy. Jednoduchá konzultace často odhalí rizika, která by se v pozdější fázi projevila jako doměrky daní, vracení dotací nebo blokace projektu.

Daňová strategie vs. riziko kontroly: na co si dát pozor

Jakmile se v podnikání objeví větší investice, vyšší odpisy a případné odpočty na výzkum a vývoj, přirozeně roste i pozornost finanční správy. Daňové kontroly se v praxi často zaměřují právě na oblasti, kde je větší prostor pro interpretaci, tedy na klasifikaci nákladů, správnost odpisování, technické zhodnocení, využití dotací a odpočtů. Rychlejší odpisování inovací je proto třeba vnímat nejen jako příležitost k daňové úspoře, ale i jako potenciální zdroj rizika.

Typické chyby při odpisování inovací

Mezi nejčastější chyby patří záměna opravy za technické zhodnocení. Oprava představuje udržení původního stavu majetku a její náklady lze uplatnit přímo do nákladů, zatímco technické zhodnocení zvyšuje hodnotu majetku, rozšiřuje jeho vybavenost nebo mění jeho účel a musí se kapitalizovat, tedy přičíst k vstupní ceně a odepisovat. 

U inovací je hranice často nejasná – například modernizace výrobní linky může zároveň prodloužit její životnost, zvýšit kapacitu i změnit typ produkce. Pokud se tento zásah chybně zaúčtuje jako běžná oprava, může být výsledkem doměr daně a sankce.

Dalším typickým problémem je nesprávné zařazení hmotného majetku do odpisové skupiny, což ovlivňuje dobu odpisování. Zatímco například některé stroje se odepisují pět let (2. odpisová skupina), jiné patří do delších odpisových skupin.

Chyba v klasifikaci může vést k příliš rychlému odpisování a následnému doměrku, nebo naopak k zbytečně pomalým odpisům a vyšší daňové zátěži, než je nezbytné.

Významným rizikem je i ignorování limitů pro daňové odpisy a DPH u osobních automobilů. Od roku 2024 jsou daňově uznatelné odpisy osobních vozidel kategorie M1 pouze do výše 2 milionů Kč, přičemž odpisy z částky nad tento limit nejsou daňově účinné.

Zákon o DPH navíc omezuje nárok na odpočet DPH u těchto vozidel na částku odpovídající základu daně 2 miliony Kč, takže u dražších vozů je třeba neuznanou část DPH připočíst k pořizovací ceně. Pokud firma tato omezení nezohlední při výpočtu odpisů, vystavuje se riziku doměrku daně a úroků.

Jak se dívá finanční úřad: kontrolní přístupy a sankce

Daňový řád rozlišuje postup pro odstranění pochybností a klasickou daňovou kontrolu. Postup pro odstranění pochybností se zahajuje před vyměřením daně a slouží k rychlému vysvětlení jednotlivých nesrovnalostí, například neobvyklého nárůstu odpisů nebo uplatnění velkého odpočtu.

Daňová kontrola je komplexnější proces zaměřený na konkrétní daň a období, jejímž cílem je prověřit daňové povinnosti subjektu a předejít daňovým únikům. Správce daně ji může zahájit pouze před uplynutím tříleté prekluzivní lhůty pro stanovení daně, která se může prodlužovat v závislosti na procesních úkonech.

Mezi signály, které mohou vyvolat zájem finančního úřadu, patří dlouhodobé vykazování daňové ztráty, opakovaná podání opravných daňových přiznání, neobvykle vysoké nároky na vrácení DPH nebo skokový nárůst daňově uznatelných nákladů, například právě v podobě rychle se zvyšujících odpisů.

V případě zjištěných nesrovnalostí může finanční úřad doměřit daň a uložit sankce v podobě penále, které činí 20 % z doměřené daně, případně 20 % při snižování daňového odpočtu a 1 % při snižování daňové ztráty, plus úrok z prodlení. Tyto sankce jsou upraveny v zákoně č. 280/2009 Sb., daňový řád.

Z judikatury správních soudů vyplývá, že možnost dodatečně uplatnit původně neuplatněné odpisy je omezená principem kontinuity odpisování. Zákon obecně neumožňuje „doplňovat“ odpisy zpětně za období, ve kterém se poplatník rozhodl odpis neuplatnit, a současně prodloužit dobu odpisování.

Na druhé straně soudy připustily, že za určitých okolností lze dodatečně uplatnit odpisy prostřednictvím dodatečného daňového tvrzení, pokud tím poplatník nemění původně projevenou vůli ohledně metody a průběhu odpisování. V praxi jde o velmi detailní posouzení konkrétní situace, kde je vhodné mít po boku zkušené daňové a právní zástupce.

Jak se připravit: dokumentace, procesy a právní podpora

Z pohledu řízení rizik je klíčové mít k dispozici kompletní dokumentaci k významným investicím – smlouvy o dodávkách technologií, specifikace majetku, technické zprávy, protokoly o zařazení do užívání, interní odpisové plány, rozhodnutí statutárních orgánů a případná odborná stanoviska. 

Správce daně v rámci kontroly obvykle požaduje i účetní knihy, evidenci majetku, výpisy z bankovních účtů a další podklady, z nichž je patrný ekonomický obsah transakcí. U projektů výzkumu a vývoje bude navíc vyžadovat projektovou dokumentaci a průběžné záznamy o řešení projektu.

Právníci z ARROWS advokátní kanceláře mohou klientům pomoci nastavit interní procesy tak, aby každá významnější investice do inovací měla od začátku jasně definovaný právní, účetní i daňový režim.

V praxi to znamená například vytvoření interní směrnice pro klasifikaci nákladů, definici technického zhodnocení, postupy pro schvalování odpisových plánů a šablony pro dokumentaci projektů VaV. Při samotné kontrole pak advokáti klienta zastupují, komunikují s finančním úřadem, připravují odpovědi na výzvy a v případě potřeby hájí klienta i v soudních sporech.

Pro podnikatele a management je často zásadní mít jistotu, že při rozhodování o multimilionových investicích stojí na pevné právní půdě. Jedna konzultace před uzavřením smluv a zařazením majetku do účetnictví je obvykle mnohem levnější než řešení následného sporu o doměřenou daň. Pokud chcete mít jistotu, že vaše inovační projekty obstojí i při detailní kontrole, má smysl obrátit se na právníky z ARROWS advokátní kanceláře prostřednictvím kontaktu office@arws.cz.

Modelové scénáře: kolik můžete reálně ušetřit (a kde hrozí problém)

Pro lepší představu, jak odpisy a zrychlené či mimořádné režimy fungují v praxi, se podívejme na několik typových situací. Nejde o přesné daňové kalkulace, ale o ilustraci trendů a souvislostí, které by měl management při rozhodování vnímat.

Scénář 1: Výrobní firma a nové robotické pracoviště

Středně velká výrobní firma zvažuje investici do nové robotizované linky v hodnotě 20 milionů Kč, která nahradí část ruční práce a umožní vyrábět s vyšší přesností. Současně se uvažuje o využití dotační výzvy Inovace v rámci OP TAK, která by mohla pokrýt 30 % způsobilých nákladů, pokud projekt navazuje na ukončený výzkum a vývoj ve firmě a zavádí na trh inovovaný produkt.

Firma může linku zařadit do příslušné odpisové skupiny (typicky 2. odpisová skupina s minimální dobou odpisování 5 let) a zvolit rovnoměrné nebo zrychlené odpisy, čímž dosáhne vyšších daňových odpisů v prvních letech, pokud zvolí zrychlenou metodu.

Současně dotace sníží daňovou vstupní cenu majetku přibližně na 14 milionů Kč, ze které se odpisy počítají.

V praxi tak může management stát před dilematem: vyplatí se investici realizovat s ohledem na aktuální odpisová pravidla a případně zvolit zrychlené odpisy, nebo je výhodnější počkat na dotační výzvu? Odpověď závisí na kombinaci faktorů – výši dotace, očekávané ziskovosti, daňové sazbě, možnostech financování a struktuře skupiny.

Právníci z ARROWS advokátní kanceláře v podobných situacích obvykle připravují variantní modely a právní rámec pro každou variantu, aby majitelé a management rozhodovali na základě reálných dat, nikoliv pocitů.

Scénář 2: Digitalizace a velký software

Obchodní společnost s celorepublikovou působností se rozhodne implementovat nový ERP systém, zahrnující moduly pro řízení skladové logistiky, CRM, plánování výroby a controlling. Cena licence a implementace přesáhne 10 milionů Kč a software bude firma využívat minimálně 5–7 let.

Z právního a daňového pohledu je klíčové, zda jde o pořízení dlouhodobého nehmotného majetku (software) nebo o soubor služeb, které lze účtovat přímo do nákladů.

Pokud smlouva přiznává firmě dlouhodobé užívací právo k softwaru a cena překračuje limit pro dlouhodobý nehmotný majetek dle účetních předpisů, půjde typicky o majetek, který bude nutné účetně odepisovat a jehož odpisy budou daňově uznatelné. Implementační služby je možné částečně kapitalizovat jako součást pořizovací ceny, pokud jsou neoddělitelně spojeny s uvedením softwaru do užívání.

Další vrstvou je, zda vývoj některých modulů představuje výzkum a vývoj ve smyslu zákona o podpoře VaV, například pokud se jedná o zcela nové algoritmy nebo specifické integrační řešení.

V takovém případě by bylo možné uplatnit odpočet na VaV za mzdové a další náklady vynaložené na interní vývoj, vedle samotných účetních odpisů softwaru. V praxi je však nutné mít pečlivě oddělenu projektovou dokumentaci pro běžnou implementaci a pro skutečný výzkum a vývoj, aby finanční úřad odpočet neodmítl jako „pouhou“ inovaci bez technické nejistoty.

Scénář 3: Přechod na bezemisní flotilu

Logistická firma nebo společnost s velkým vozovým parkem uvažuje o postupném přechodu na bezemisní vozidla. Plánuje pořídit několik elektromobilů s pořizovací cenou okolo 1,8 milionu Kč, které budou využívány pro obchodní a servisní účely. Vozidla mají být pořízena mezi roky 2024 a 2028, aby bylo možné využít mimořádných odpisů.

Pokud firma splní podmínky – zejména je prvním odpisovatelem a vozidla splňují definici bezemisního vozidla – může využít mimořádné odpisy a odepsat 60 % vstupní ceny v prvních 12 měsících a 40 % ve druhých 12 měsících, tedy celkem 100 % za 24 měsíců.

Zároveň musí respektovat limit daňové uznatelnosti odpisů u osobních automobilů do 2 milionů Kč, což u vozidel za 1,8 milionu Kč nebude představovat problém, ale u dražších elektromobilů by již část odpisů nebyla daňově účinná.

Management tak stojí před otázkou, jak rozložit nákupy v čase, aby maximalizoval využití mimořádných odpisů, respektoval finanční možnosti firmy a případně využil i dotační programy na podporu bezemisní dopravy.

Zároveň je potřeba sladit odpisovou strategii s nastavením zaměstnaneckých benefitů, protože bezemisní vozidla poskytovaná zaměstnancům mají jiný režim nepeněžního příjmu než klasická auta se spalovacím motorem. Právníci z ARROWS advokátní kanceláře v takových situacích klientům pomáhají nastavit komplexní politiku služebních vozidel, která bere v úvahu daňové, pracovněprávní i benefitové aspekty.

Jak může pomoci ARROWS advokátní kancelář

Investice do inovací zasahují do několika právních oblastí současně – od korporátního práva přes smluvní agendu, daňové právo, účetnictví, dotace až po pracovní právo a regulaci v sektorech, jako je energetika nebo zdravotnictví. Odpisy a zrychlené či mimořádné režimy jsou přitom jen jedním z dílků skládačky. Proto je vhodné mít partnera, který rozumí nejen paragrafům, ale i podnikatelské realitě a umí jednotlivé oblasti propojit.

Právníci z ARROWS advokátní kanceláře pomáhají klientům například při strukturování investic do inovativních technologií tak, aby smluvní dokumentace odpovídala daňovým a účetním plánům.

U nákupu strojů a technologií řeší vedle klasických dodavatelských smluv také otázky odpovědnosti za vady, SLA u softwarových řešení či licenčních ujednání. U energetických projektů, jako jsou fotovoltaické elektrárny, se zaměřují i na licenční a regulační aspekty.

V oblasti daní se právníci ARROWS advokátní kanceláře podílejí na nastavení odpisových plánů, posuzování technického zhodnocení, využití mimořádných odpisů u bezemisních vozidel a kombinaci odpisů s odpočtem na výzkum a vývoj.

Připravují odborná právní stanoviska, která slouží jako opora při jednání s auditory a finanční správou. V případě kontrol z finančního úřadu klienty zastupují, připravují argumentaci proti doměrům daně a vedou odvolací řízení i soudní spory.

Díky síti ARROWS International je ARROWS advokátní kancelář schopna řešit i investice s mezinárodním prvkem, například když skupina pořizuje technologie v zahraničí, přesouvá výzkumné aktivity mezi státy nebo strukturuje akvizici zahraničního startupu. Výhodou pro klienty je i vysoké pojistné krytí – ARROWS advokátní kancelář je pojištěna pro případ profesní odpovědnosti až do výše 400 000 000 Kč, což je důležité právě u velkých inovačních projektů s vysokým finančním objemem.

Pokud uvažujete o větší investici do inovací nebo již běží projekt, u kterého si nejste jisti nastavením odpisů, dotací a daňových dopadů, dává smysl vše včas konzultovat. Můžete se obrátit na právníky z ARROWS advokátní kanceláře prostřednictvím kontaktu office@arws.cz a společně nastavit řešení, které obstojí jak ekonomicky, tak právně.

Závěrečné shrnutí

Pravidla pro daňové odpisy a možnost využívat zrychlené či mimořádné režimy jsou stále významným nástrojem pro ovlivnění daňové zátěže firem. Stávající systém zahrnuje limit 80 000 Kč pro povinné odpisování hmotného majetku, šest odpisových skupin a možnost volby mezi rovnoměrným a zrychleným odpisováním. Nehmotný majetek se pro daňové účely obecně odepisuje podle účetních předpisů.

Vedle standardních odpisových metod existují i speciální režimy, jako jsou mimořádné odpisy bezemisních vozidel a specifické úpravy pro vybraná odvětví či investice, což vytváří komplexní prostředí, ve kterém se v jedné firmě může potkat několik odlišných odpisových režimů.

Pro podnikatele, management i investory z toho vyplývá dvojí poučení. Na jedné straně stále existují příležitosti, jak prostřednictvím odpisů a odpočtů na výzkum a vývoj významně ovlivnit daňovou zátěž a cash flow inovačních projektů.

Na druhé straně roste význam správné kvalifikace investic, nastavení odpisových plánů, dokumentace projektů a obezřetného využívání dotačních schémat, protože finanční úřady se logicky zaměřují právě na oblasti s vyšší mírou složitosti a potenciálu pro chyby.

ARROWS advokátní kancelář má s těmito situacemi každodenní zkušenost – právníci pomáhají nastavit smluvní, daňové a účetní aspekty inovačních investic, připravují odborná stanoviska a zastupují klienty při jednání s finanční správou i v soudních sporech. Pokud nechcete riskovat chyby, škody, průtahy nebo pokuty a hledáte partnera, který propojí právní, daňový a obchodní pohled na vaše inovační projekty, můžete se s důvěrou obrátit na ARROWS advokátní kancelář na adrese office@arws.cz.

FAQ - Nejčastější otázky k investicím do inovací a zrychleným odpisům

1. Jaký je v roce 2026 hlavní rozdíl oproti minulým letům, pokud jde o zrychlené odpisy?
Hlavní rozdíl spočívá v dílčích legislativních změnách v posledních letech, nicméně klasické zrychlené daňové odpisy pro hmotný majetek jsou stále k dispozici. Základní limit pro povinné odpisování hmotného majetku je 80 000 Kč a platí systém šesti odpisových skupin. Vedle toho existují speciální režimy, jako jsou mimořádné odpisy bezemisních vozidel.

2. Vyplatí se kvůli odpisům uspěchat nebo naopak odložit plánovanou investici do inovací?
Zda má smysl investici časovat s ohledem na odpisy, závisí na konkrétní situaci – typu majetku, dostupných dotacích, aktuální ziskovosti a možnostech financování. Někdy dává smysl využít zrychlených odpisů pro co nejrychlejší daňovou úsporu, jindy je výhodnější počkat na dotační výzvu nebo na období s vyšší ziskovostí. 

3. Jaká jsou největší rizika, pokud se při odpisování inovací dopustíme chyby?
Mezi hlavní rizika patří doměření daně z příjmů, popřípadě i DPH, penále až 20 % z doměřené daně a úroky z prodlení, případně povinnost vrátit dotaci nebo část podpory. Chyby mohou spočívat v chybné kvalifikaci nákladů (oprava vs. technické zhodnocení), nesprávném zařazení majetku do odpisové skupiny, nedodržení limitů pro automobily nebo v rizikovém uplatnění odpočtu na VaV bez dostatečné dokumentace.

4. Jak odpisy souvisejí s odpočtem na výzkum a vývoj – nehrozí, že „čerpáme dvakrát“?
Odpisy a odpočet na výzkum a vývoj se mohou kombinovat, pokud jsou správně rozlišeny investiční a provozní náklady projektu. Typicky se dlouhodobý majetek (stroje, software) odepisuje, zatímco mzdové a další provozní náklady na výzkumný projekt se uplatní i v odpočtu na VaV, takže nejde o nepovolenou dvojí podporu.

5. Potřebujeme k nastavení odpisů a inovačních projektů vždy advokátní kancelář, nebo to zvládne interní účetní?
U menších a standardních investic často postačí dobře nastavená interní směrnice a zkušený účetní nebo ekonom, zejména pokud již existuje základní konzultace s odborníky. Jakmile však jde o větší inovační projekt, kombinaci dotací, odpočtu na VaV, mimořádných odpisů nebo o akvizici firmy, je zapojení advokátní kanceláře zpravidla rozumnou investicí do prevence rizik. 

6. Co když už běží daňová kontrola a finanční úřad zpochybňuje naše odpisy?
V takové situaci je klíčové jednat rychle, mít připravenou dokumentaci a promyšlenou strategii komunikace s finančním úřadem. Někdy lze sporné body vysvětlit v rámci postupu k odstranění pochybností, jindy je nutné připravit podrobné právní argumenty a být připraven na odvolací řízení nebo soudní spor.

Upozornění: Informace obsažené v tomto článku mají pouze obecný informativní charakter a slouží k základní orientaci v problematice dle právního stavu k roku 2026. Ačkoliv dbáme na maximální přesnost obsahu, právní předpisy a jejich výklad se v čase vyvíjejí. Jsme ARROWS advokátní kancelář, subjekt zapsaný u České advokátní komory (náš orgán dohledu), a pro maximální bezpečí klientů jsme pojištěni pro případ profesní odpovědnosti s limitem 400.000.000 Kč. Pro ověření aktuálního znění předpisů a jejich aplikace na vaši konkrétní situaci je nezbytné kontaktovat přímo ARROWS advokátní kancelář (office@arws.cz). Neneseme odpovědnost za případné škody vzniklé samostatným užitím informací z tohoto článku bez předchozí individuální právní konzultace.

Čtěte také